נדגיש שרבינו הקדוש מכוון את מאמריו לכל אדם ולכן זמן (הקדמת ליקוטי מוהר"ן), ולכן לא ניתן להצביע על מהלך אחיד לכל הלומדים. אך בשלבים דלהלן ישנה מסילה אפשרית ללומד ממוצע, וכל לומד יעשה כנטיית לבו, ויחפש את צורת הלימוד בספר, באופן שיועיל לו על הצד הטוב ביותר.

שלב 1:
לקרוא את כל המאמר מתחילתו לסופו בהבנה פשוטה, פעם פעמיים ואפילו שלוש, עד שמהלך המאמר הבסיסי ייקלט במוח (ניתן לעשות זאת גם בעזרת ליקו"מ ממהדורה רגילה). בשלב זה כדאי להשתמש במדור 'סיפור התגלות המאמר', שיעניק חיבור פנימי לאופן התגלות המאמר.

שלב 2:
לנסות לחבר את חלקי המאמר השונים, מראש המאמר לסופו ומסופו לראשו, על כך הורה רבי נחמן, 'אין מי שיוכל להבין בספר ליקוטי מוהר"ן, כי אם מי שיכול לומר כל תורה ותורה פנים ואחור'... ניתן לעשות זאת על ידי קישור בחינות דומות במאמר, וכן על ידי קישור מילים דומות, שעי"ז יוכל הלומד לענות לשאלות שמתעוררות לו בעת הלימוד, ולמצוא את המסילה של אותה התורה, לעובדא ולמעשה.

שלב 3:
להעמיק במקורות המובאים במאמר, בעזרת המדורים 'מקור חכמה' ו'מילואי חכמה' שבספר 'פאר הליקוטים'. לשים לב לפתיח של כל מקור במדור מקור חכמה, שבו מוסבר לשם מה הביא רבינו את המקור ומה היא הראיה ממנו, ואז יראה המעיין כיצד כל מקור ומקור שופך אור על הבנת התורה. זאת, בתוספת המדור 'מסילת הקשרים', שבו יכול הלומד להווכח בקשרים ובהבנות הקיימים במאמר, הודות לשימוש בח"י הכללים של ראבר"נ, ובכך יתחבר למסילה של התורה הנלמדת.

שלב 4:
גם לאחר הלימוד במדורים המבארים את הפסוקים והמקורות, עדיין נדרש הלומד להבין לעומקם את המושגים שמובאים בליקוטי מוהר"ן, ולכן עתה הזמן לפנות למדורים 'מבואות' ו'ערכים וכינויים'. בלימוד זה תהיה תועלת גדולה ללומדים, המרגישים שחוסר ההיכרות שיש להם עם חלק מהמושגים והערכים, מונע מהם את האפשרות להבין את דברי רבינו.

שלב 5:
את ההבנה בעומק המאמר ניתן לדלות מביאורי ופירושי תלמידי רבי נחמן מברסלב, שאלו מופיעים במדורים 'נחל נובע' ו'ילקוט הנחל'. והם שופכים אור חדש על כל הלימוד במאמר, ומעניקים זוית מחודשת ומחזקת לכל ענין.

שלב 6:
כעת הגענו לעיקר, לחבר את הלב לתורתו הפלאית של רבי נחמן. ניתן להעזר במדורים 'עצה ותושיה' ו'ואני תפילה', וניתן גם להפעיל את הלב בדיבורים אישיים משלך לפני בורא עולם.